Recherche de séquences soumisses sur GISIAD

Bonjour
Je suis ravi de rejoindre nextstrain.
J’ai une préoccupation. En effet j’ai soumis 157 séquences sur GISAID à partir du Burkina Faso mais au niveau de nextstrain je ne vois que 30 séquences. Pourriez vous m’aider à voir toutes les séquences.
Merci par avance pour ce que vous allez faire pour m’aider.

We can only display a fraction of the available sequences in a specific analysis. So from Burkina Faso only these 30

https://nextstrain.org/ncov/africa?f_country=Burkina%20Faso

make it into the build. But you could try to run your own analysis specific to Burkina Faso.

best,
richard

Hi,

Thank you for your reply

Why instead of 161 sequences you only show 30

best regards,

M. SAWADOGO Yacouba
Biologiste médical
Service de bactériologie virologie
CHU Sourô Sanou de Bobo Dioulasso.
Tel: (00226)70121792/78332809

we pick genomes over time from different countries so that we have a total of 2000 sequences from Africa. more recent genomes are given preference. This subsampling tries to make an interesting selection of viruses, but it also means that for a particular country it will only contain a fraction of the data.

Hi,

Thank you very much.
Now I understand you better.

Best regards

M. SAWADOGO Yacouba
Biologiste médical
Service de bactériologie virologie
CHU Sourô Sanou de Bobo Dioulasso.
Tel: (00226)70121792/78332809

Yacouba… je suggere que vous creer votre “Nextstrain build” locale a partir des sequences que avez. Avec le logiciel Nextstrain ca se fait facilement. Je pense que les membres de l’equip nextstrain pourrais vous aider avec le processus de l’installation et je pourrais aider avec la traduction des etapes si necessaire.
@rneher et l’equipe nextstrain sont les resources

Les etapes: A Getting Started Guide to the Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 | Tutorial: Using Nextstrain for SARS-CoV-2

Bryan Tegomoh
(bryan.tegomoh@gmail.com)

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